موسی حقانی با سال‌ها تجربه آموزشی و پژوهشی در حوزه پژوهش و تدریس، جایگاهی ویژه در جامعه علمی دارد. او با تحصیلات دکترای علوم سیاسی توانسته عمق و غنای خاصی به فعالیت‌های علمی خود ببخشد. وی تجربه تدریس در موسسه امام خمینی (ره) را نیز داشته است. در کنار فعالیت‌های علمی، ایشان به عنوان معاون پژوهشی موسسه مطالعات تاریخ ایران و سردبیر فصلنامه تاریخ معاصر ایران نیز فعالیت کرده است. از جمله آثار علمی او تاریخ تحولات سیاسی ایران، تاریخ فراماسونری در ایران و آخرین شاه آخرین دربار است.